MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

All Repeats of Streptococcus thermophilus LMD-9 plasmid 1

Total Repeats: 95

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_008500	TCC	2	6	1	6	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
2	NC_008500	TTG	2	6	16	21	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
3	NC_008500	CGA	2	6	45	50	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
4	NC_008500	ACT	2	6	64	69	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	116326680
5	NC_008500	CAA	2	6	98	103	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	116326680
6	NC_008500	TTC	2	6	119	124	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	116326680
7	NC_008500	T	6	6	304	309	0 %	100 %	0 %	0 %	116326680
8	NC_008500	GAA	2	6	336	341	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	116326680
9	NC_008500	AAT	2	6	363	368	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	116326680
10	NC_008500	TCC	2	6	394	399	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
11	NC_008500	TTTC	2	8	400	407	0 %	75 %	0 %	25 %	Non-Coding
12	NC_008500	TAT	2	6	418	423	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
13	NC_008500	TA	3	6	434	439	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
14	NC_008500	AGGG	2	8	446	453	25 %	0 %	75 %	0 %	Non-Coding
15	NC_008500	AAAT	2	8	539	546	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
16	NC_008500	AT	3	6	592	597	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
17	NC_008500	CAT	2	6	690	695	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
18	NC_008500	TTTA	2	8	714	721	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
19	NC_008500	TGA	2	6	733	738	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
20	NC_008500	CAAAA	2	10	759	768	80 %	0 %	0 %	20 %	Non-Coding
21	NC_008500	AT	3	6	771	776	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
22	NC_008500	AAAT	2	8	783	790	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
23	NC_008500	ACG	2	6	820	825	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
24	NC_008500	TCA	2	6	876	881	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
25	NC_008500	T	7	7	890	896	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
26	NC_008500	GGA	2	6	902	907	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
27	NC_008500	AAG	2	6	930	935	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
28	NC_008500	TGC	2	6	988	993	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
29	NC_008500	T	7	7	1063	1069	0 %	100 %	0 %	0 %	116326681
30	NC_008500	ACA	2	6	1119	1124	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	116326681
31	NC_008500	CTGTT	2	10	1129	1138	0 %	60 %	20 %	20 %	116326681
32	NC_008500	TAA	2	6	1240	1245	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	116326681
33	NC_008500	TAG	2	6	1251	1256	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	116326681
34	NC_008500	GTA	2	6	1286	1291	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	116326681
35	NC_008500	T	6	6	1381	1386	0 %	100 %	0 %	0 %	116326681
36	NC_008500	TCA	2	6	1424	1429	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	116326681
37	NC_008500	T	6	6	1479	1484	0 %	100 %	0 %	0 %	116326681
38	NC_008500	ACA	2	6	1548	1553	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	116326681
39	NC_008500	TCA	2	6	1565	1570	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	116326681
40	NC_008500	TA	3	6	1639	1644	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
41	NC_008500	CAA	2	6	1724	1729	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
42	NC_008500	CTT	2	6	1767	1772	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
43	NC_008500	GTT	2	6	1794	1799	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
44	NC_008500	TCT	2	6	1847	1852	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
45	NC_008500	AGTC	2	8	1867	1874	25 %	25 %	25 %	25 %	Non-Coding
46	NC_008500	CGTC	2	8	1875	1882	0 %	25 %	25 %	50 %	Non-Coding
47	NC_008500	TCT	2	6	1943	1948	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
48	NC_008500	TC	3	6	1954	1959	0 %	50 %	0 %	50 %	Non-Coding
49	NC_008500	CA	3	6	2019	2024	50 %	0 %	0 %	50 %	Non-Coding
50	NC_008500	CTC	2	6	2115	2120	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
51	NC_008500	TG	3	6	2123	2128	0 %	50 %	50 %	0 %	Non-Coding
52	NC_008500	AT	3	6	2129	2134	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
53	NC_008500	CCA	2	6	2302	2307	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
54	NC_008500	CTT	2	6	2389	2394	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	116326682
55	NC_008500	CATTG	2	10	2438	2447	20 %	40 %	20 %	20 %	116326682
56	NC_008500	T	6	6	2465	2470	0 %	100 %	0 %	0 %	116326682
57	NC_008500	AAT	2	6	2473	2478	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	116326682
58	NC_008500	TAA	2	6	2497	2502	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	116326682
59	NC_008500	TGA	2	6	2505	2510	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	116326682
60	NC_008500	TTC	2	6	2537	2542	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	116326682
61	NC_008500	CCA	2	6	2660	2665	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	116326682
62	NC_008500	ATTCTT	2	12	2684	2695	16.67 %	66.67 %	0 %	16.67 %	116326682
63	NC_008500	TTGC	2	8	2707	2714	0 %	50 %	25 %	25 %	116326682
64	NC_008500	TCG	2	6	2719	2724	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	116326682
65	NC_008500	CAA	2	6	2737	2742	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	116326682
66	NC_008500	TC	3	6	2745	2750	0 %	50 %	0 %	50 %	116326682
67	NC_008500	TCT	2	6	2821	2826	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	116326682
68	NC_008500	CTT	2	6	2872	2877	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	116326682
69	NC_008500	AT	3	6	2970	2975	50 %	50 %	0 %	0 %	116326682
70	NC_008500	GCTT	2	8	3009	3016	0 %	50 %	25 %	25 %	116326682
71	NC_008500	AAC	2	6	3017	3022	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	116326682
72	NC_008500	GAC	2	6	3039	3044	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	116326682
73	NC_008500	ATC	2	6	3104	3109	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	116326682
74	NC_008500	T	7	7	3146	3152	0 %	100 %	0 %	0 %	116326682
75	NC_008500	ATT	2	6	3179	3184	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	116326682
76	NC_008500	T	6	6	3187	3192	0 %	100 %	0 %	0 %	116326682
77	NC_008500	TCA	2	6	3417	3422	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	116326682
78	NC_008500	CTG	2	6	3540	3545	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
79	NC_008500	CAG	2	6	3557	3562	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
80	NC_008500	TTCTT	2	10	3820	3829	0 %	80 %	0 %	20 %	116326683
81	NC_008500	CAA	2	6	3902	3907	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	116326683
82	NC_008500	T	7	7	3949	3955	0 %	100 %	0 %	0 %	116326683
83	NC_008500	GTTT	2	8	3996	4003	0 %	75 %	25 %	0 %	116326683
84	NC_008500	TTC	2	6	4005	4010	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	116326683
85	NC_008500	A	6	6	4019	4024	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
86	NC_008500	CTTT	2	8	4029	4036	0 %	75 %	0 %	25 %	Non-Coding
87	NC_008500	AAAGA	2	10	4075	4084	80 %	0 %	20 %	0 %	Non-Coding
88	NC_008500	T	8	8	4095	4102	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
89	NC_008500	GTAAA	2	10	4171	4180	60 %	20 %	20 %	0 %	Non-Coding
90	NC_008500	T	8	8	4203	4210	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
91	NC_008500	T	6	6	4238	4243	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
92	NC_008500	ATCA	2	8	4272	4279	50 %	25 %	0 %	25 %	Non-Coding
93	NC_008500	CCAC	2	8	4318	4325	25 %	0 %	0 %	75 %	Non-Coding
94	NC_008500	TCG	2	6	4393	4398	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
95	NC_008500	CAA	2	6	4422	4427	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	Non-Coding

©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.